അഭയ കേസില്‍ പ്രതികള്‍ക്ക് ജീവപര്യന്തം ശിക്ഷ വിധിച്ച് കോടതി. ഒന്നാം പ്രതി ഫാ. തോമസ് എം. കോട്ടൂരിനും സിസ്റ്റര്‍ സെഫിക്കുമാണ് ജീവപര്യന്തം തടവ് ശിക്ഷ വിധിച്ചിരിക്കുന്നത്. പ്രേസിക്യൂഷന്റെ ആവശ്യം കോടതി അംഗീകരിച്ചു. പ്രതികള്‍ക്ക് പരമാവധി ശിക്ഷ വിധിക്കണമെന്നായിരുന്നു പ്രോസിക്യൂഷന്റെ ആവശ്യം.
ഒന്നാം പ്രതി ഫാ. തോമസ് എം. കോട്ടൂരിന് ജീവപര്യന്തം തടവും അഞ്ച് ലക്ഷം രൂപ പിഴയുമാണ് ശിക്ഷ വിധിച്ചത്. ഐപിസി 302 വകുപ്പ്, 201 വകുപ്പ് അനുസരിച്ചാണ് ശിക്ഷ. തെളിവ് നശിപ്പിക്കല്‍, കൊലപാതകം അടക്കമുള്ള കുറ്റങ്ങള്‍ക്കാണ് ശിക്ഷ. സിസ്റ്റര്‍ സെഫിക്കും ജീവപര്യന്തവും അഞ്ച് ലക്ഷം രൂപയുമാണ് ശിക്ഷ. 201 വകുപ്പ് തെളിവ് നശിപ്പിക്കല്‍ പ്രകാരം ഏഴ് വര്‍ഷം തടവും ഇരുവര്‍ക്കും വിധിച്ചിട്ടുണ്ട്.
പ്രതികള്‍ക്ക് പരമാവധി ശിക്ഷ നല്‍കണമെന്നായിരുന്നു പ്രോസിക്യൂഷന്റെ വാദം. എന്നാല്‍, ഫാ. തോമസ് എം. കോട്ടൂര്‍ കാന്‍സര്‍ രോഗിയാണെന്നാണ് പ്രതിഭാഗം വാദിച്ചത്. ശിക്ഷയില്‍ പരമാവധി ഇളവ് നല്‍കണമെന്നാണ് സിസ്റ്റര്‍ സെഫിയുടെ അഭിഭാഷകനും വാദിച്ചു.